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Micro-CT具有高空间分辨率、成本相对低廉、使用方便、并已经实现了在不处死动物或损伤标本的前提下，对小动物和标本进行扫描。能够获得组织内部详尽的三维空间结构信息，利用强大的图像处理软件，研究人员可以观察任意角度的断层图像，克服了病理切片中因标本形状或结构而限制操作或观察目标区域的困难；获得三维表面图像及三维透1视图；实现对指1定骨组织进行定量体积骨密度(bone mineral density，BMD)分析；肿1瘤及骨转移监测；借助造影剂进行血管管径测量等。此外，在micro-CT在材料学、组织工程、考古学等众多领域得到广泛应用。

骨由骨质、骨膜、骨1髓、骨的血管、淋巴管和神经构成。在Micro CT中，可对骨质部分进行深入的形态学分析和研究。骨质分密质和松质：骨密质配布于骨的表面，也称皮质骨；骨松质由骨小梁排列而成，配布于骨的内部，骨小梁的排列与骨所承受的压力和张力的方向一致，因而能承受较大的重量。骨1髓腔和松质间隙内充填有骨1髓

显微CT是医学研究的基本仪器，近年来在植物科学方面的应用不断增加。它可以对样品进行无损检测，揭示样品的2D结构和3D结构，是弥合形态学和分子研究差距的理想工具。显微CT在植物方面初用于研究根的发育，后来研究了样品密度和背景有强烈差异而可以区分的样品，如种子、花结构、维管、叶结构、草酸钙晶体、嫁接结构等。

目前国际上使用的很多研究种子的先进技术大多是利用荧光法研究种子活力或其萌发率，这些方法能够高通量地达到某些研究目的，但始终无法得知种皮内部的结构和动态变化过程。

显微CT 可以广泛应用于对植物种子内部结构变化的研究。可以无损地探索不同植物种子腔体、胚和胚乳的变化，评估种子的出芽率和质量，测量种子内部的三维结构等。