次氯酸水消毒剂可以用在卫生机构、各类公共场所、食品加工、餐饮店、家庭等多种场合。各种对象的消毒，包括内窥镜、手术器械；疮口/创面、皮肤黏膜；空气、手部、物体表面和织物、水果蔬菜、餐饮具、二次供水设备设施的消毒。次氯酸是无机小分子，可以穿透微生物的细胞壁、细胞膜、破坏微生物的蛋白质、核酸等生命物质。杀灭微生物的机理；稳定性、安全性和对物体的损害；影响消毒效果的因素。
次氯酸水消毒剂，一般是现做现用，质保期非常短，不添加稳定剂的情况下难以长期稳定保存。特别是电解水需要足够的导电率，水越纯越不易导电，因此需要添加大量的电解质成分，产品的稳定性和安全性受到影响。在同等保存条件下，如果保存超过3个月以上，其他工艺的消毒剂中的有效氯自然衰减会无法达到有效消毒的效果。所以在消毒剂行业中，要达到1年质保期的其他工艺的次氯酸水消毒剂，需要将浓度提升到100ppm甚至更高，如250ppm以上，才能在质保期内抵消有效氯的自然衰减，从而达到既定的消毒效果。
凡是能溶于水产生次氯酸水的消毒剂，统称为含氯消毒剂。它是一种古老的消毒剂，但至今为止任然是一种优良的消毒剂。含氯消毒剂的消毒能力，取决于有效氯含量(相当于多少氯的氧化能力)。
次氯酸在杀菌和杀病毒过程中,不仅可作用于细胞壁、病毒外壳,而且因次氯酸分子小,不带电荷,还可渗透入菌(病毒)体内,与菌(病毒)体蛋白、核酸、和酶等有机高分子发生氧化反应,从而病原微生物 R-NH-R + HClO → R2NCl + H2O。同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性。
与强酸性电解水相比较，次氯酸水消毒剂有那些优点?次氯化钠生产过程中产生同等数量的碱性水，而碱性水利用率通常较低、用量较小，如果不经适当处理直接排放，既浪费宝贵的水资源又易对环境造成污染。次氯酸水消毒剂用无隔膜电解方式生产，原料液全部生成次氯酸水，不产生任何废水，因此，可以节约水资源，提高电解水利用率。相同浓度下,次氯酸的消毒效果是84消毒液的80倍。次氯酸对几乎所有对健康有威胁的病菌都具有破坏性。且杀灭菌率高达99.999%，达到了标准。