防水层施工时，应先做好节点、附加层和屋面排水比较集中部位的处理，然后由屋面低标高处向上施工。铺贴天沟、檐口卷材时，宜顺天沟、檐口方向以减少搭接。施工中按先高后低、先远后近的原则，先施工钢屋架坡屋面，后施工平屋面，并根据实际情况划分流水施工段，组织平行流水施工。对于搭接不够的部位应采用粘结性好、延伸率长、耐老化好的防水材料在搭接处封堵，亦可采用自粘性卷材粘贴，如果采用涂膜性材料施工搭接处好留有5～10公分的空铺点。
找平层采用20厚1:3水泥砂浆。找平层浇筑后及时抹压密实并收光。一次机械，二次人工铁板收光，无酥松、起砂、起皮的现象，表面平整度允许偏差不大于5mm。卷材防水层的基层与突出屋面结构的交接处，以及基层处理的转角处做成半径不小于50mm圆弧状，且整齐平顺。烟道等与屋面交接部位采用聚乙烯丙纶高分子防水卷材和防水涂料做基层防水加强处理。
当屋面坡度小于3%时，卷材宜平行屋脊铺贴；屋面坡度在3～15%时，卷材可平行或垂直屋脊铺贴；屋面坡度大于15%或屋面受震动时，卷材应垂直屋脊铺贴；上下层卷材不得相互垂直铺贴。平行于屋脊铺贴时，应从天沟或檐口开始向上逐层铺贴，两幅卷材的长边搭接(压边)应顺流水方向，长边搭接宽度不小于70mm(满粘法)或100mm(空铺、点粘、条粘法)；短边搭接(接头)应顺主导风向，搭接宽度不小于100mm(满粘法)或150mm(空铺、点粘、条粘法)。