第二代球形硅胶色谱填料的粒径分布较宽，而粒径分布是影响色谱填料性能的重要参数之一。在高l效液相色谱分离过程中，流动相流过的通路主要是粒状填料间的间隙，而填料形状、粒径大小及分布、都会影响填充柱床紧密程度的均一性，导致溶质分子在填充柱床中的流动路径和保留时间发生变化，从而影响分离效果。因此粒径分布均匀，形貌规整的球形填料填充柱床的紧密程度一致性好，流动相在柱床中的流速均匀，流动相经过柱床的路径长短一致，从而有效降低涡流扩散系数，使色谱峰宽变窄，理论塔板数升高。
反相色谱是比较常用的色谱分离模式，占到了全部分析色谱的70%左右。通常只需优化流动相组成就可实现对大多数有机化合物和多肽的分离分析。反相硅胶色谱填料的制备方法比较简单，主要是通过硅胶表面羟基与带不同烷l基链或试剂键合。其中C4、C8和C18 硅胶键合相是使用比较广泛的反相色谱填料。反相色谱填料的研究是朝着柱效高、重现性好、分析速度快、制备方法简单、硅羟基掩蔽完全、选择性好、pH使用范围宽、寿命长等目标进行。反相硅胶色谱填料发展主要是两方面：一方面是制备越来越丰富的键合相以满足HPLC 越来越广的分离选择性的要求；另外一方面是解决反相色谱填料表面残留硅羟基带来拖尾、pH适用范围受限、及使用寿命短等问题。反相色谱填料制备的过程中, 由于位阻原因,硅胶表面的硅羟基不可能全部与试剂反应,残留的硅羟基在反相分离过程中会与极性分子形成非特异性吸附，导致l极性化合物尤其是碱性化合物色谱峰变宽，甚至严重拖尾，柱效下降等。另外残留硅羟基还会影响硅胶色谱填料的耐酸碱性，并限制其pH使用范围,缩短填料使用寿命。因此开发有效封尾（封端）技术以减少或消除残留硅羟基从而改善反相色谱填料性能是色谱填料研究的重要方向之一。另外在封端过程中引进带正电荷的功能基团也可以屏蔽硅羟基对碱性化合物非特异吸附。
HILIC 色谱填料自1990年Alpert提出亲水作用色谱的概念以来，其应用逐渐增多。HILIC是基于极性化合物在色谱固定相表面水层和流动相之间进行的亲水分配作用达到保留的一种分离模式。在HILIC分离中，流动相中水的比例越小，则洗脱能力越弱; 反之，洗脱能力越强。化合物的极性越小，则保留越弱; 反之，则保留越强。HILIC尤其适合强极性化合物分离和分析。各种商品化亲水作用色谱材料的种类日益丰富，涵盖了氨基、二醇基、咪唑基、三氮唑基、酰胺型、糖型和两l性离子型键合相，为亲水作用色谱的发展和应用奠定了良好的基础。HILIC 可以作为正相色谱的替代和反相色谱的有效补充。